In condizioni normali, la pianta di mirtillo risulta molto rustica e quasi priva di parassiti particolarmente aggressivi. Ci sono comunque possibili malattie che possono causare danni alle piante quali:

• Funghi: marciume radicale da Armillaria (provoca un lento deperimento della pianta con scarsa produzione e vegetazione); cancri rameali e disseccamento delle gemme Phomopsis spp. (provoca nella gemma a fiore una colorazione marrone che porta alla morte); Antracnosi (portano sulle bacche in post-raccolta problemi di marciume);muffa grigia Botrytis cinirea; Moniliosi
• Insetti: Cecidomia del mirtillo, Lepidotteri defogliatori; Afidi; Oziorrinco; Cocciniglie;
• Virus
• Fisiopatie, squilibri nutrizionali e avversità in genere